对外提供菌种保藏服务。资源库拥有完善的菌种保藏设备，并建立规范的管理体系，采用-80℃超低温保藏法和液氮低温保藏等方法实现菌种的妥善保藏。

国家肥料微生物种质资源库（陕西）为科研人员提供菌种鉴定服务。鉴定项目包括细菌的形态特征鉴定、细胞壁氨基酸分析、细胞糖组分分析和极性脂分析等。

国家肥料微生物种质资源库（陕西）对外提供技术培训服务，培训项目包括菌种的分离筛选技术、菌种的分类和鉴定方法、菌种的保藏技术。